DIRAS3可能是一种新的胶质瘤生物标志物且与免疫浸润相关
作者:
作者单位:

1.兰州大学第二医院(第二临床医学院),甘肃 兰州 730030;2.兰州大学神经病学研究所,甘肃 兰州 730030

作者简介:

周景寰,系兰州大学外科学神经外科专业毕业,致力于胶质瘤的基础研究工作。

通信作者:

潘亚文,教授,主任医师,博士研究生导师。Email: panyawen666@sohu.com。

基金项目:

国家自然科学基金(81960541);甘肃省自然科学基金(22JR5RA959/22JR5RA966/ 2ZD6FA021-4);兰州大学医学创新与发展项目(lzuyxcx-2022-170);兰州市科技局项目(2021-RC-97);兰州大学第二医院 “萃英 ”大学生科学训练计划(CYXZ-01/CYXZ2020-08);兰州大学第二医院 “萃英 ”大学生科学训练计划(CYXZ-01/CYXZ2020-08);兰州市科技局项目(2021-RC-97);兰州大学第二医院萃英本科生科学训练计划(CYXZ-01/CYXZ2020-08);萃英研究生导师申请者培训计划(201803/ CYDSPY202-002);甘肃省科技计划(21JR7RA411)。


DIRAS3 may be a novel glioma biomarker related to immune infiltration
Author:
Affiliation:

1.The Second Hospital & Clinical Medical School, Lanzhou University, Lanzhou, Gansu 730030, China;2.Institute of Neurology, Lanzhou University, Lanzhou, Gansu 730030, China

Fund Project:

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    摘要:

    目的 探索DIRAS3对胶质瘤患者预后的影响及其潜在机制。方法 通过TCGA和CGGA数据库提取DIRAS3表达谱和临床数据,分析DIRAS3在不同临床病理特征胶质瘤患者中mRNA的表达水平,及其对总生存期和临床病理特征的影响。收集32例包括正常脑及胶质瘤组织标本,并采用Western blotting、免疫组织化学等方法比较DIRAS3蛋白在不同等级胶质瘤和正常组织中的表达差异。通过基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因集富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA)等方法,对DIRAS3及其共表达基因可能的生物学功能和信号传导通路进行分析。并分析DIRAS3与免疫细胞浸润程度以及免疫相关分子表达之间的关系。结果 DIRAS3在胶质瘤中的过表达现象明显,且其表达水平随WHO分级升高而增加,并与患者的总生存率呈负相关。生物信息学分析显示,DIRAS3的高表达与患者年龄、肿瘤分级、IDH状态以及1p/19q编码缺失有关。此外,DIRAS3相关表达基因富集在多种免疫相关通路中,参与调节免疫反应的多个过程。结论 DIRAS3不仅是胶质瘤的诊断和预后生物标志物,更是胶质瘤免疫疗法的关键靶点。

    Abstract:

    Objective To study the association of DIRAS3 with the prognosis of patients with glioma and the potential mechanisms.Methods Using DIRAS3 expression profiles and clinical data extracted from The Cancer Genome Atlas and the Chinese Glioma Genome Atlas databases, we studied DIRAS3 mRNA expression levels in patients with glioma with different clinicopathological features as well as its relationship with overall survival and clinicopathological features. Subsequently, we collected 32 normal brain and glioma tissue specimens to compare DIRAS3 protein expression levels in different grades of gliomas and normal tissues by Western blot and immunohistochemistry. Through Gene Ontology analysis, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes analysis, gene set enrichment analysis, and gene set variation analysis, we explored the possible biological functions and signaling pathways of the DIRAS3 gene and its co-expressed genes. We also explored the relationship between DIRAS3 and the degree of immune cell infiltration and the expression of immune-related molecules.Results DIRAS3 was significantly overexpressed in gliomas. The expression level of DIRAS3 increased with the increase in the World Health Organization classification of gliomas, and was negatively correlated with the overall survival rate of patients. The bioinformatics analysis showed that the high expression of DIRAS3 was associated with patient’s age, tumor grade, isocitrate dehydrogenase mutation status, and 1p/19q deletion. In addition, DIRAS3-associated co-expressed genes were enriched in various immune-related pathways to play a regulatory role in a variety of processes in immune response.Conclusions DIRAS3 is not only a diagnostic and prognostic biomarker for gliomas, but also a key target for glioma immunotherapy.

    表 1 胶质瘤患者与DIRAS3表达相关的临床病理特征Table 1
    图1 DIRAS3在胶质瘤中的表达模式和机制Fig.1
    图2 TCGA数据库中胶质瘤患者的临床病理特征与DIRAS3表达的相关性Fig.2
    图3 CGGA数据库中胶质瘤患者的临床病理特征与DIRAS3表达的相关性Fig.3
    图4 生存曲线显示DIRAS3在胶质瘤患者中的预后价值Fig.4
    图5 TCGA数据库中OS的时间依赖性ROC和AUC曲线、森林图、提名图和校准图Fig.5
    图6 胶质瘤中的 DIRAS3 结合蛋白和 DEGsFig.6
    图8 GSEA分析的富集途径Fig.8
    图9 DIRAS3调控免疫细胞在胶质瘤肿瘤微环境中的浸润程度Fig.9
    图10 DIRAS3与不同免疫因子之间的相关性Fig.10
    图7 GO、KEGG及GSVA分析Fig.7
    表 2 DIRAS3与单核细胞和巨噬细胞标志物的相关性分析Table 2
    参考文献
    相似文献
    引证文献
引用本文

周景寰,王旭东,潘亚文456. DIRAS3可能是一种新的胶质瘤生物标志物且与免疫浸润相关[J].国际神经病学神经外科学杂志,2024,51(3):27-39111ZHOU Jinghuan, WANG Xudong, PAN Yawen222. DIRAS3 may be a novel glioma biomarker related to immune infiltration[J]. Journal of International Neurology and Neurosurgery,2024,51(3):27-39

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  • 收稿日期:2023-12-08
  • 最后修改日期:2024-06-10
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  • 在线发布日期: 2024-08-14
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